沿着灰色石頭砌成的階梯拾極而下，進入序廳，首先映入眼簾的是一個鑲嵌在江水中的漢白玉花環，花環前面是象徵生命的“長明火”，每隔12秒，就會響起悠遠的鐘聲，然後花環裏出現一個遇難者的照片，花環的邊上一萬多張小照片時隱時現，像江水中不斷浮現着落水的人，一閃一閃的。這些曾經的生命就是在這次慘絕人寰的屠殺中消逝的……序廳的兩面牆體上雕刻着1萬個遇難者名錄，序廳頂部則以殘破的城牆為背景，上面刻着中、英、日三國文字的“遇難者300000”，地面上則是星星點點的燈和長明火……凝重、肅穆，這是遇難者不屈生命的象徵嗎?館內光線極暗，但依然可以看出和我們的名字一樣的生命代號。屠殺，從來都是具體的，它是成千上萬條鮮活的生命，現在這些生命以各自的名字出現在我們面前!這裏人頭攢動，卻聲息皆無。連不到六歲的女兒也是緊緊拉着我的胳膊，跟隨人羣緩緩移動……
在這座紀念館現有館藏文物史料超過一萬件，主要陳列有：當年日軍屠殺現場照片，歷史檔案資料，中外人士當年對這次歷史慘案所寫的紀實、報道和出版的專著、圖書、報刊，至今尚健在的1000多位倖存者的名冊、證言、證詞和實物;當年屠殺南京軍民的日軍軍官和士兵的日記、供詞;崇善堂、紅卐字會、紅十字會等慈善團體掩埋屍體的照片、統計表、臂章證詞以及遠東國際軍事法庭和中國軍事法庭對南京大屠殺主犯鬆井石根、谷壽夫審判的照片、判決書等。電影放映廳里正向觀眾放映《侵華日軍南京大屠殺》歷史文獻紀錄片。張張照片展示出曾經的血腥歷史，件件實物告訴我們無法掩蓋的滔天罪惡，串串文字好象都化作滴滴血淚在向世人控訴自己的冤屈……樁樁件件，黑色、白色，白色，黑色，血腥色……那段不堪回首的中國的國難史又一次展現在我們面前……
在展館的尾廳部分，有一間不規則的半開閉屋子，屋子下邊是清冽的水，而屋頂上每隔十二秒就會有一滴水從高空滴下，同時側面牆上貼有遇難者遺像的燈光會亮起後再熄滅。這是因為在慘絕人寰的南京大屠殺中，平均每十二秒就會有一箇中國同胞被殺害……12秒，何其短暫，滴答，滴答，水滴落下，生命被迫結束……
展館外，二百二十二名南京大屠殺倖存者的腳印刻在銅板上永遠地留在紀念館內。其中腳印大多都有傷殘，有的只有四個腳趾，有的只有三隻，還有一位有一隻腳。