1937年12月13日，日軍進佔南京城，在華中方面軍司令官鬆井石根和第6師團師團長谷壽夫等法西斯分子的指揮下，對手無寸鐵的南京民眾進行了長達6周慘絕人寰的大規模屠殺。
日軍佔領上海後，直逼南京。國民黨軍隊在南京外圍與日軍多次進行激戰，但未能阻擋日軍的多路攻擊。1937年12月13日，南京在一片混亂中被日軍佔領。日軍在華中方面軍司令官鬆井石根指揮下，在南京地區燒殺淫掠無所不為。
12月15日，日軍將中國軍警人員2000餘名，解赴漢中門外，用機槍掃射，焚屍滅跡。同日夜，又有市民和士兵9000餘人，被日軍押往海軍魚雷營，除9人逃出外，其餘全部被殺害。
16日傍晚，中國士兵和難民5000餘人，被日軍押往中山碼頭江邊，先用機槍射死，拋屍江中，只有數人倖免。
17日，日軍將從各處搜捕來的軍民和南京電廠工人3000餘人，在煤岸港至上元門江邊用機槍射斃，一部分用木柴燒死。
日本軍隊侵入南京城18日，日軍將從南京逃出被拘囚於幕府山下的難民和被俘軍人5。7萬餘人，以鉛絲捆綁，驅至下關草鞋峽，先用機槍掃射，複用刺刀亂戳，最後澆以煤油，縱火焚燒，殘餘骸骨投入長江。令人髮指者，是日軍少尉向井和野田在紫金山下進行“殺人比賽”。他們分別殺了106和105名中國人後，“比賽又在進行”。
在日軍進入南京後的一個月中，全城發生2萬起強姦、輪姦事件，無論少女或老婦，都難以倖免。許多婦女在被強姦之後又遭槍殺、毀屍，慘不忍睹。與此同時，日軍遇屋即燒，從中華門到內橋，從太平路到新街口以及夫子廟一帶繁華區域，大火連天，幾天不息。全市約有三分之一的建築物和財產化為灰燼。無數住宅、商店、機關、倉庫被搶劫一空。“劫後的南京，滿目荒涼”。
後來發表的《遠東國際法庭判決書》中寫道：“日本兵完全像一羣被放縱的野蠻人似的來污辱這個城市”，他們“單獨的或者二、三人為一小集團在全市遊蕩，實行殺人、強姦、搶劫、放火”，終至在大街小巷都橫陳被害者的屍體。“江邊流水盡為之赤，城內外所有河渠、溝壑無不填滿屍體”。
據1946年2月中國南京軍事法庭查證：日軍集體大屠殺28案，19萬人，零散屠殺858案，15萬人。日軍在南京進行了長達6個星期的大屠殺，中國軍民被槍殺和活埋者達30多萬人。