（1）分散屠殺
南京大屠殺油畫，《東京日日新聞》（即現在《每日新聞》）報道兩名日本軍官的“殺人競賽”。日軍第十六師團中島部隊兩個少尉軍官向井敏明和野田毅在其長官鼓勵下，彼此相約“殺人競賽”，商定在佔領南京時，誰先殺滿100人為勝者。他們從句容殺到湯山，向井敏明殺了89人，野田毅殺了78人，因皆未滿100，“競賽”繼續進行。12月10日中午，兩人在紫金山下相遇，彼此軍刀已砍缺了口。野田謂殺了105人，向井謂殺了106人。又因確定不了是誰先達到殺100人之數，決定這次比賽不分勝負，重新比賽誰殺滿150名中國人。這些暴行都一直在報紙上圖文並茂連載，被稱為“皇軍的英雄”。日本投降後，這兩個戰犯終以在作戰期間，共同連續屠殺俘虜及非戰中人員“實為人類蟊賊，文明公敵”的罪名在南京執行槍決。
（2）姦淫
圖為被日軍輪姦後的南京婦女的慘狀秀英趟在鼓樓醫院的病牀上。1937年12月，當時18歲的孕婦李秀英躲藏在南京安全區的一個地下室內。19日，日軍士兵闖入地下室企圖強姦這裏的婦女，李秀英在反抗中被刺傷三十多刀，胎兒流產！
據估計，在日軍佔領南京之後一至兩個月內，約有2萬至8萬名中國婦女遭到日軍強姦。日軍不分晝夜並在受害婦女的家人面前施行強暴，被強姦的婦女甚至包括12歲的幼女、60歲的老婦，乃至孕婦。很多婦女受到了輪姦，有些婦女甚至會被日軍強姦數次，類似的事件往往導致有婦女受不住日軍的折磨而死。受害人或是試圖保護她的親屬如果稍有反抗，往往就被日軍殺死，母親身邊的孩子因為哭鬧也經常被日軍一併殺害。此外，日軍還強迫亂倫行為，不從就加以殺害。日軍對婦女的大規模強姦和虐殺直到1938年2月才有所收斂。約翰·馬吉牧師詳細記錄了一起典型的強姦滅門慘案。
12月13日，30個日兵闖入夏淑琴一家與房東居住的門東新路口5號，他們先殺死了房東夫妻和夏淑琴的父親，用刺刀殺死了夏淑琴母親懷裏的1歲嬰兒，之後輪姦了母親和另一個房間裏16歲、14歲的兩個姐姐，她的祖父母在試圖保護孫女的時候被殺死。之後日兵殺死了慘遭姦淫的母女，並且在她們的陰道里插進瓶子和木棍。當時7歲的夏淑琴和她4歲的妹妹被刺刀扎傷，她們因為昏死過去而倖存下來。