琉球冊封使的記錄中還常提到“溝”或“黑水”，如夏子陽的《使琉球錄》，明萬曆三四年，，汪楫的《使琉球雜錄》，清康熙二二年，，徐葆光的《中山傳信錄》周煌的《琉球國志略》，清乾隆二一年，，齊鯤的《續琉球國志略》，清嘉慶一三年，，據記載，使琉球船隊每過此“溝”，必投豬羊，潑米粥，焚紙船，鳴鉦鼓，以祭海神，這裏所指的“溝”就是現在的琉球海岸，
琉球海溝深有二千米，位於琉球羣島和釣魚島等島嶼之間，東北端與日本海溝相接，西南與馬裏亞納海溝，MarianaTrench，相連，從地理上把琉球羣島和中國大陸架截然分開，而釣魚島，黃尾嶼和赤尾嶼卻與台灣島一起，都坐落在水深只有二百米的大陸架上，從大陸架到琉球海溝，海面形成一條寬寬的落際，即黑潮，正如冊封使記錄的那樣“去滄水入黑水”，
值得注意的是，汪楫在《使琉球雜錄》中稱此“溝”為“中外之界”，周煌的《琉球國志略》也證實了“黑水溝”是“與閩海界”，很明顯，至少在清初，中國已將琉球海溝作為閩海之界，作為中國和外國琉球的分界線了，理所當然，赤尾嶼到福建之間的所有海域和島嶼都是清政府領地，納入在清朝版圖之中。