巴赫可稱得上是“管風琴之王”。管風琴是巴赫一生的主要創作工具，也是最能體現他演奏藝術的樂器。巴赫生前作為一個管風琴演奏家的名氣遠超過了他作為作曲家的聲望。巴赫首創了五指並用的管風琴演奏技巧（此前的音樂家很少用拇指觸鍵），並高度發展了運用踏板的技巧。
1714年底，巴赫訪問了卡塞爾城，為弗里德里希親王演奏了管風琴，引起了轟動。時隔多年後，有人這樣回憶當時的情形：“他的腳在踏板上飛行，彷彿是長了翅膀一樣，使得聲音像暴風雨中的雷鳴閃電一樣在迴響。親王脱下手指上的戒指贈給了他。試想，如果巴赫熟練的腳也得到這樣的贈與，那麼親王又將以何物去獎勵他呢？”
一位着名音樂家在巴赫逝世後這樣評價他：“就像希臘只有一個荷馬，羅馬只有一個維吉爾，德國也只有一個巴赫。無論是在作曲藝術或管風琴和羽管鍵琴的演奏上，全歐洲迄今還沒有人能與他相比，將來也不會有人能超過他。”
巴赫的另一樣絕技是即興演奏。他的兒子之後回憶説，父親經常即興彈奏不可名狀的美妙旋律，一連幾個小時都不停，沒有一首譜寫下來的曲子能夠與之相媲美。1720年，巴赫前往呂貝克訪問了97歲高齡的管風琴大師賴因肯，並根據他的主題即興演奏了幻想曲《在巴比倫河畔》，一連兩個小時，才思化作美妙的音符汩汩流淌出來。賴因肯驚歎道：“我原以為這門（即興演奏）藝術已經死去，此刻我看到它在你身上還活着。”
據説巴赫還喜歡到郊外鄉村簡陋的小教堂彈奏。有一次，一位久聞巴赫大名但並不相識的鄉村風琴師聽過巴赫用簡陋的管風琴彈出了驚人美妙的音樂時，他對眼前這位非凡的陌生人説：“您如果不是偉大的巴赫，就是一位來自天堂的天使。只有他有這樣的技藝！”
